3类危险品出口海运到梵蒂冈的运输方式有以下两种：

1. 海运：3类危险品可以选择海洋运输的方式运往梵蒂冈。在运输过程中，需要遵循国际海运法规和要求，如使用符合规定的特殊包装和标记、安全操作等。

2. 空运：对于一些轻型、小批量的3类危险品，可以选择空运到达梵蒂冈。运输过程中同样需要符合国际航空法规和要求，如使用符合规定的特殊包装和标记、禁止携带的物品、安全操作等。

需要注意的是，不同的运输方式在成本、时间、安全等方面都有差异，选择合适的方式需要考虑多方面因素。此外，在选择运输方式之前，还需确认梵蒂冈的进口税和关税政策，以便制定合理的物流方案。