危险化学品海运出口报关到梵蒂冈可能会面临以下难题：

1. 梵蒂冈是一个小国家，其海港设施较为有限，可能会影响危险化学品的海运进出口。需要提前了解梵蒂冈的相关规定和限制，并选择合适的海运方式和船运航线。

2. 梵蒂冈作为天主教圣地，对涉及宗教仪式和文化活动的物品具有较为严格的要求和限制。如果危险化学品属于梵蒂冈的限制物品清单之列，可能会受到额外的限制。

3. 危险化学品是一类特殊物资，在出口海运过程中需要严格遵守国际海事组织制定的危险货物规范和标准，以确保危险品的安全运输和种类识别。

4. 出口危险化学品需要申请相应的进口许可证件。梵蒂冈根据自己的法律法规和环境要求，可能会对进口的危险化学品提出更高的要求和限制。

因此，海运出口危险化学品到梵蒂冈的报关工作需要提前了解梵蒂冈的海关和进口要求，仔细核对危险品相关资料和手续，遵守相关规定和标准，确保危险品得到安全运输和进口。建议找到专业的货运代理公司协助办理整个出口到梵蒂冈的危险品海运报关手续，以避免出现问题。